Ker odpadkov ne oddamo takoj pooblaščeni osebi, jih skladiščimo tudi znotraj ustanov. Izvirni povzročitelj odpadkov mora odpadke začasno skladiščiti tako, da se hranijo ločeno in ne pride do mešanja. Odpadke je dovoljeno začasno ali predhodno skladiščiti največ dvanajst mesecev od njihovega nastanka. Nevarne odpadke je prepovedano mešati med seboj. Odpadki pri začasnem skladiščenju morajo biti pakirani tako, da ne ogrožajo okolja in človekovega zdravja, ter opremljeni z oznako o nazivu odpadka in njegovi klasifikacijski številki. Če gre za nevarne odpadke, morajo biti opremljeni tudi z oznako »nevarni odpadek« in z navedbo nevarnih lastnosti v skladu s prepisi, ki urejajo kemikalije. Če so odpadki, ki se prevažajo, nevarno blago, morajo biti označeni tudi v skladu s predpisi, ki urejajo prevoz nevarnega