Poleg finančnega načrta zavoda je treba letno pripraviti tudi finančno poročilo zavoda. V finančnem poročilu so zajeti vsi finančni dogodki v obravnavanem obdobju in imajo vpliv na prihodke in odhodke zavoda. Prihodki in odhodki zavoda se pripoznavajo po načelu denarnega toka. V skladu s tem načelom se prihodek oziroma odhodek prizna, ko je poslovni dogodek, ki ima za posledico izkazovanje prihodkov oziroma odhodkov, nastal in je prišlo do prejema ali izplačila denarja oziroma njegovega ekvivalenta.
Šteje se, da je pogoj za pripoznavanje prihodkov in odhodkov izpolnjen tudi, če so bile terjatve oziroma obveznosti, ki se nanašajo na prihodke oziroma odhodke, poravnane na drug način, pri čemer ni nastal denarni tok. Za znesek prejetih oziroma danih predujmov, ki se nanašajo na prihodke oziroma odhodke, se pripoznajo prihodki oziroma odhodki že ob prejemu oziroma izplačilu teh zneskov. Zneski prihodkov in odhodkov se v času, od nastanka poslovnega dogodka, ki je podlaga za njihovo izkazovanje, do izpolnitve pogojev za njihovo pripoznanje, izkazujejo kot posebna postavka časovnih razmejitev.
Prihodki zavoda se razčlenjujejo na davčne prihodke, nedavčne prihodke, kapitalske prihodke, prejete donacije in transferne prihodke. Z davčnimi prihodki so mišljena vsa vplačila dajatev, določena z zakonom ali drugim predpisom, izdanim na podlagi zakona. Z nedavčnimi prihodki so mišljeni prihodki iz opravljanja dejavnosti, prihodki od financiranja, prihodki od taks in pristojbin ter vsi drugi prihodki. Kapitalski prihodki so prihodki iz prodaje opredmetenih osnovnih sredstev, neopredmetenih dolgoročnih sredstev, zalog blagovnih rezerv in finančnega premoženja. Prejete donacije so prihodki iz naslova podarjenih denarnih sredstev. Transferni prihodki so prihodki, doseženi s prenosom denarnih sredstev od drugih javnofinančnih institucij.
Podrobnejša opredelitev prihodkov, ki jih uvrščamo v posamezno vrsto prihodkov, je podana z nazivi kontov, določenimi s pravilnikom o enotnem kontnem načrtu.
Odhodki zavoda se razčlenjujejo na tekoče odhodke, odhodke tekočih transferjev, investicijske odhodke in odhodke investicijskih transferov. Tekoči odhodki so odhodki, ki zajemajo plačila, nastala zaradi stroškov dela, stroškov materiala in drugih izdatkov za blago in storitve ter sredstva, izločena v proračunske sklade. Odhodki tekočih transferov so plačila, za katere plačniki v povračilo ne dobijo materiala oziroma blaga ali storitve. Uporaba teh sredstev mora biti pri prejemniku tekoče ali splošne narave in ne investicijske. Investicijski odhodki so plačila, namenjena pridobitvi opredmetenih in neopredmetenih osnovnih sredstev, kot tudi za investicijsko vzdrževanje in obnove zgradb, ter pomembnejših opredmetenih osnovnih sredstev. Odhodki investicijskih transferov so prenesena denarna nepovratna sredstva, namenjena plačilu investicijskih odhodkov prejemnikov sredstev. Kot investicijski transfer se štejejo tudi prenesena denarna sredstva, ki so bila dana v upravljanje in za katera se pri prejemniku teh sredstev vzpostavi obveznost iz naslova sredstev, prejetih v upravljanje.
Podrobnejša opredelitev odhodkov, ki se uvrščajo v posamezno vrsto odhodkov, je podana z nazivi kontov, določenimi s pravilnikom o enotnem kontnem načrtu.
Sredstva in obveznosti do virov sredstev pravnih oseb javnega prava se pripoznavajo, merijo in prevrednotujejo v skladu z določbami slovenskih računovodskih standardov, če ni z zakonom o računovodstvu ali drugim predpisom, ki ga izda minister, pristojen za finance, določeno drugače.
Za znesek ugotovljene izvirne nabavne vrednosti opredmetenih osnovnih sredstev oziroma neopredmetenih dolgoročnih sredstev se oblikuje vir sredstev, ki se zmanjšuje za obračunano vrednost popravkov nabavne vrednosti in neodpisano nabavno vrednost prodanih, odtujenih ali v upravljanje prenesenih opredmetenih osnovnih sredstev oziroma neopredmetenih dolgoročnih sredstev. Stroškov obresti se ne všteva v nabavno vrednost opredmetenih osnovnih sredstev.
Nabavno vrednost brezplačno pridobljenih opredmetenih osnovnih sredstev in neopredmetenih dolgoročnih sredstev oziroma opredmetenih osnovnih sredstev in neopredmetenih dolgoročnih sredstev, za katera ne obstaja dokumentacija o stroških pridobitve ali je takšna dokumentacija nepopolna, se določi z ocenitvijo, pri čemer se upoštevajo razpoložljivi podatki o tržnih cenah, lahko pa tudi knjigovodski podatki primerljivih enakih ali podobnih sredstev, ki so v lasti ustanovitelja, uporabnika enotnega kontnega načrta.
Stroški, ki sestavljajo nabavno vrednost opredmetenega osnovnega sredstva oziroma neopredmetenega dolgoročnega sredstva, kot tudi stroški investicijskega vzdrževanja in obnov, se priznajo kot investicijski odhodki v obračunskem obdobju, ko so bili plačani.
Zneski kupnine ali odškodnine za odtujena ali uničena opredmetena osnovna sredstva ter neopredmetena dolgoročna sredstva se priznajo kot kapitalski prihodki v obračunskem obdobju, ko so bili prejeti.
Pravne osebe javnega prava lahko razporedijo stvari drobnega inventarja, katerih posamična nabavna vrednost po dobaviteljevem obračunu ne presega tolarske vrednosti 100 evrov, med material. S stvarmi drobnega inventarja so mišljeni pisarniški pripomočki, oprema prostorov, orodja, okrasni predmeti in podobno.
Dogovorjena sprememba vrednosti (revalorizacija) finančnih naložb, ki izhaja iz določb pogodbe ali pogojev izdaje vrednostnega papirja (naložba v devizah, devizna klavzula in podobno), povečuje oziroma zmanjšuje vrednost teh finančnih naložb in stanje obveznosti do njihovih virov.
Finančne naložbe v nepremičnine se izkazujejo v zneskih, ki ustrezajo zneskom stroškov, neposredno povezanih z njihovo pridobitvijo in usposobitvijo za uporabo. Zmanjšanje vrednosti naložbenih nepremičnin zmanjšuje obveznost do njihovih virov. Donosi naložbenih nepremičnin se obravnavajo kot prihodki iz premoženja.
Obračunane obresti in drugi donosi finančnih naložb se lahko izkazujejo kot samostojna terjatev ali pa povečujejo znesek finančne naložbe. Obračunane obresti in drugi donosi kratkoročnih finančnih naložb se priznajo kot prihodki ob njihovem unovčenju.
Odpis obveznosti se izkazuje kot zmanjšanje neplačanih odhodkov ali prejemkov oziroma kot povečanje ustrezne obveznosti do virov sredstev.
Vračilo sredstev, ki se nanaša na že poravnane obveznosti, priznane kot odhodki oziroma izdatki tekočega leta, zmanjšuje odhodke oziroma izdatke tekočega leta, druga vračila pa se izkazujejo kot prihodki.
Prevrednotenje opredmetenih osnovnih sredstev, predvsem nepremičnin, se lahko opravi, če knjigovodski podatki o njihovi nabavni vrednosti pomembno odstopajo od nabavne vrednosti primerljivih enakih ali podobnih sredstev. Za znesek spremembe knjigovodske vrednosti opredmetenega osnovnega sredstva se zmanjša ali poveča obveznost do vira sredstev. Prevrednotenje opredmetenih osnovnih sredstev zaradi oslabitve se lahko opravi, tudi če njihova knjigovodska vrednost pomembno presega nadomestljivo vrednost. Za znesek spremembe knjigovodske vrednosti se zmanjša obveznost do vira sredstev.
Prevrednotenje opredmetenih osnovnih sredstev zaradi okrepitve in prevrednotenje nepremičnin zaradi oslabitve se opravi v skladu z metodologijo, ki jo sprejme pristojni organ pravne osebe, katere last so opredmetena osnovna sredstva.